Al haberse probado y evaluado económicamente los perjuicios, en ejecución de la Sentencia del Tribunal Constitucional las Salas de la Audiencia Nacional y del Tribunal Supremo debieron dictar nuevas Sentencias en las que se condenó a la Administración a pagar las correspondientes indemnizaciones de daños y perjuicios causados tanto por el hundimiento de la empresa como por la pérdida de los puestos de trabajo.
La valoración de las distintas partidas de daños y perjuicios causados por la actuación administrativa fue objeto de discusión por la Administración; lo cual obligó a instar nuevas resoluciones de los Tribunales, llegando incluso a formularse varios Recursos de Casación. Finalmente, el Tribunal Supremo acabó fijando la cuantía de las indemnizaciones y la Administración debió ejecutar los correspondientes pagos.
Los titulares de la Empresa percibieron la correspondiente indemnización y los Profesores el importe de todas las indemnizaciones que les correspondían; en todos los casos con los correspondientes intereses o actualización de los valores para neutralizar el deterioro monetario del tiempo transcurrido en cada caso.